香港青年協會李兆基書院與本校屬同一辦學團體，兩校有緊密聯繫，會優先考慮錄取本校優秀畢業生。為了幫助本校優秀的小六畢業生能安心升讀李兆基書院，書院已蒙李兆基博士慨允，為個別品學兼優的李兆基小學學生提供獎學金，以資助他們到李兆基書院肄業。該獎學原則上為期六年，只要該生於升級時符合校方有關學業、品行及活動參與的要求，則仍可繼續獲頒獎學金。
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